九重天模式中大部分的战斗依靠航道星舰进行,而星舰的武器配置将直接影响任务的完成效率,航道星舰的武器系统主要分为主炮、副炮、火炮、前导光能炮四类,其中前导光能炮是固定配置无法更换,其余三类均可自由搭配,且每类武器都有Sigma、Vidar、Zekti、Lavan四种派系版本。

不同派系版本在基础属性与特殊效果上有明显差异,Sigma作为初始版本属性最低,适合新手过渡,Vidar偏向生存与续航,Zekti注重输出,Lavan则强化防御与范围。主炮作为飞行员直接控制的武器,主要负责中远距离的压制,针对不同派系敌人需要调整策略,面对G系蠕虫舰队这类高护甲目标,毒液穿甲炮是首选,其毒素伤害能高效剥离护甲,配合前导光能炮能快速摧毁战舰。

Zekti版本的毒液穿甲炮MK3在射速与伤害上均有显著的提升,实战中能在短时间内打出持续破甲效果,适合需要快速清理大型战舰的任务。而C系格拉努舰队以护盾为主,光子聚熔炮的火焰伤害能有效灼烧护盾,同时附带的AOE效果可顺带清理周围小飞机,Vidar版本的光子聚熔炮MK3在过热控制上表现更优,适合长时间持续输出的防御任务。Infested派系的敌人则更惧怕电属性伤害,脉冲星的电弧攻击能在敌人之间传导,清理成群Infested战机时效率极高,Zekti脉冲星MK3的导电效果还能短暂瘫痪敌方设备。

急冻粒子炮虽然伤害不突出,但冰冻效果能大幅降低敌方移动与攻击速度,适合配合队友进行控场。副炮位于舰顶与舰腹,由船员或AI控制,核心作用是清理小型战机与拦截导弹,保需要兼顾射速、命中率与持续作战能力,光子聚熔炮MK3依然是首选,毒液穿甲炮MK3则在对付带有护甲的中型战舰时表现更优,可配合主炮完成破甲。