游戏中受污染的地格会在开局时生成,在这些地格上殖民会在地图内生成污染,污染地块也会因为有毒垃圾溶解,和毒污发电机和枯萎飞船的工作而扩散,垃圾在被溶解产生污染的同时还有概率召唤出虫茧。这些虫茧在受损或有人靠近时会触发虫子破茧并集体发动攻击,可以在商队到访或袭击来临时使用远程武器触发虫茧,从而获得大量高蛋白补给。

污染在大地图中表现为污染程度,每个格子上的污染程度决定了该地图内的污染地块数量,在高污染地区行进的远行队还会逐渐增加中毒状态,依据本地区和周围地格的污染程度当前区域每隔一段时间都会触发一次酸雾事件,如果暴露在酸雾中会降低殖民者心情,加快物品老化。同时还会降低百分之五十的植物生长速率,加上酸雾环境还会降低光照,最终使露天种植的植物只有原来百分之二十多的生长速率,不过酸雾并不会导致植物死亡,只需要等酸雾结束就行。

而土地污染不仅会使处在污染地形上的有机生物持续获得中毒,还会加速物品老化,降低土地肥沃度。污染土地上只能种植四种作物,分别是毒薯,巫木树,恶蘑菇和精神叶,除了这些作物和几个DLC中的特殊树之外,比如说仙树、母树、粹树以及噩兆噬树等,其它类型植物在污染土地上时耐久会逐渐损失,或者直接死亡。