二次侵入玩法是在怪物处于破防期间对其再次叠加更强力的伤害效果,触发二次侵入时矩阵的背景会变成黄色,这时所有的蓝色破解节点都会转化为特殊效果,虽然走格子的操作完全一样,但应用逻辑完全不同。基础的侵入是越快破甲就能越早打开怪物的弱点,二次侵入则需先连上节点,然后尽可能的开枪叠伤害,等伤害叠得差不多时再连上最后的绿色节点引爆打出二次爆发的效果。

除了用来打爆发二次侵入还能用来预先破解,战斗中所有敌人的破防状态都有时间限制,时间到了就会恢复原状重置矩阵,常规情况下需要重新走格子,二次侵入能保留路径让已经连上的黄蓝节点可以无缝衔接到初级矩阵中。在二次侵入期间就算来不及连线打出伤害,连上的所有路径也不会白费,可以在敌人恢复的瞬间实现秒解。游戏中一共提供了五种侵入模式,分别是进攻、强袭、混合、高热以及增幅模式,新手最先接触到的是进攻模式,快速连上蓝色节点后倾泻火力叠伤害,最后趁切枪回弹的间隙顺手引爆,打出一波完美的额外爆发。

到了后期的高热模式和增幅模式,打法又能切换回快速连线的战斗思路,其中的高热模式每次成功连线都能提升后续射击所积累的热量值,可以靠超快的手速走格子,也能通过不断射击来增加热量,从而让敌人更快陷入眩晕方便处决。增幅模式则是单纯的数值强化,它的效果是在二次侵入时翻倍黄色节点的加成,让原来的增伤提升到两倍甚至三倍。虽然二次侵入的效果都很不错,但它跟黄色节点一样,需要随着流程推进在商店中自行购买解锁。