作为教堂的最终头目,击杀以撒也是解锁十字架通关标记的方式。在玩家击败了妈心之后选择天堂,就会来到教堂场景中,与带有翅膀的头目以撒战斗,主要分为三个阶段。最初没受到攻击时,它也不会主动发起进攻。第一阶段的以撒主要是靠泪弹攻击,有着四种泪弹攻击方式,方式一会朝着角色方向发射泪弹,方式二朝四周发射固定方向的12组泪弹,方式三会发射出八组能旋转的泪弹,方式四会在此基础上增加多个方向的八组泪弹。

第二阶段的以撒会新增一些攻击手段,它会从四个正方向或者对角线方向发射四个子弹,子弹类似于柯吉猫的身体,有着分裂机制。除此之外还能召唤两个天使宝宝在场地中骚扰玩家,在胎衣版本中,宝宝总是会在以撒身下。偶尔以撒还会召唤几束光照,类似与道具撕裂苍穹的圣光,走出圣光攻击范围即可。到了第三阶段,敌人就会停止召唤天使宝宝,此时以撒是会长出翅膀。
有翅膀的以撒每过一段时间就会传送到房间外,在传送回boss房时,是必定会发射十二组泪弹攻击。此时的以撒会一直保持与角色在同一个水平方向,这也是会让泪弹攻击很难躲开。在房间外,它会飞到顶端的角落降落圣光,玩家需要与圣光相反的方向一直跑,不然就会被最终全覆盖的圣光攻击。