头目和闪光两种宝可梦虽然稍有不同,但在刷法的流程上基本一模一样。头目除了特别大只,比同种类的宝可梦大很多以外,在能力值也有差异。像是头目鲤鱼王一开始抓到就会水炮,水炮正常来说是要进化成暴鲤龙才能学会的。所以说对于不会特别培育6v宝可梦的玩家来说,捕捉一只头目宝可梦就能直接派上用场,能力值比一般宝可梦更好更强。

但对于想特别练到满6v、满努力值的宝可梦来说,头目就只有体型大的差别了。体型大算是有利有弊,某些技能会变得很难命中,但有些技能会因为体型而扩大命中范围。像是头目暴鲤龙的水炮,因为从嘴里射出,如果敌人体型很小,很容易躲在身体下面射不到。但如果是使用冲浪、攀瀑布等技能,技能范围会因为体型变得更大而更好命中,有时候更能命中复数敌人。

头目的刷新类型有两种,分别为固定刷新以及随机刷新。固定刷新的宝可梦就像是每个野生特区,每次进去都高几率会看到头目。例如野生特区二号的鲤鱼王,它过一段时间就会固定在这个位置刷新。只要时间和天气条件符合,每次都会出现在同一个地方,所以这种头目就非常好抓,甚至也很好刷闪。另一种就是随机出现的头目,任何普通宝可梦每次刷新时都有一定几率变成头目。像是普通餐馆屋顶的迷你龙,有机会是一般的也有几率是头目版的。