异种金蝎剧情最早开始于清河村铁蛋毒蝎夺命,完成该任务后会接到第一个支线异种金蝎,如果将异种金蝎交给柳麻衣开启的就是药圣线,回到清河村找到铁蛋能获得异种金蝎位置的提示。在幽云泽能接到第二个支线异种金蝎,将异种金蝎交给毒物商人元疆开启的就是商人线。最后来到猴儿林尽头处的无名岩洞击杀异种金蝎,可以拿到任务所需材料,接着走到洞口会开启支线飞蝎使,在这里选择赠予会开启娜乌线,选择拒绝能走药圣线或商人线,需要注意的是如果选择交换无法走娜乌线。任意分支交付异种金蝎后回到清河村都能触发铁蛋入队的剧情,药圣线是剧情最丰富专属秘籍最多的一条线,如果是一周目玩家一般都走药圣线。

在支线药圣之约中再访柳麻衣时能获得岐黄剑术秘籍,赶赴药圣之约剧情结束后再回头对话药圣能获得四关十二元经秘籍。上官虹不仅得到属性提升,还会习得药圣医典,请教后暂时能升到五级,在冷无情入队后药圣的医治之人会出现第一个选项,除非想重点培养冷无情,不然没必要选择治疗冷无情,因为这里的治疗只是给冷无情加属性,依然无法使用轻功。后续只要达成完美南疆主线,药圣就能正式入队,他会免费治疗冷无情。在燕未还入队后找到药圣能触发询问荀杳杳生机的隐藏剧情,在霹雳门的宝库保卫战结束后对话汤统能拿到人面蛛。

霹雳门结束交付人面蛛能获得九炼熊蛇丸,百花丸和八风剑法秘籍。天水祝寿结束在主线百善未及一恶的夜晚过后的第二天,来到武当炼丹房能触发莫离剧情,剧情结束就可以来到竹海找药圣选择医治莫离,可以让药圣入队。药圣入队后先去辽城跟小豆子对话,再找李大虎获取壬水丹,然后来到谭城找栾琼触发治疗剧情,需要前面完成孔亮入队的支线韶华轻掷,这两段剧情也能等到药圣正式入队后来触发。带着药圣来做甘泉苦水大型支线能触发一些额外剧情,首先是支线再探苦水,清理程万清后会按照冷无情,李元兴和商葶苧入队顺序触发一段对话。

其中一个队友对话,让其中两个队友离队,主动选择触发对话的队友。然后是支线鬼鹰现踪,从牢房出来后会触发一段药圣的对话,在卧秋山顶会有药圣医治兆成的剧情。最后是支线晦明朝夕,在一线天的三连战结束后药圣好感加十,如果带着药圣前往绮罗宴在开头治疗惊雷暗使时会有一段药圣剧情,此战还会使药圣得到属性提升。如果队里没有药圣,此战就是娜乌上阵,娜乌也会得到属性提升。药圣莫离线在甘泉苦水结束后,绮罗宴前去祖师殿触发治疗莫离剧情,让药圣自动离队,等到南疆主线三线都能接触到药圣。