核弹是后期强大的战略武器,能够瞬间改变战局。制造核弹首先需要研究必要的科技,基础核装置需要先掌握核裂变技术,这能在地图上显示铀矿资源。之后需要在城市中完成曼哈顿计划这一特殊项目,更高级的热核装置则需进一步研究核聚变技术。完成这些研究后城市的生产项目列表中会出现制造核弹头的选项,消耗铀资源即可生产。制造出的核弹会存放在库存中,界面上方会显示当前拥有的核弹头数量。核弹有三种主要的发射方式,轰炸机是其中一种,将核弹头装载到轰炸机上,选择进行大规模杀伤性武器打击,然后在射程内选择目标格子即可。

核潜艇同样可以装载并发射核弹,第三种方式是建造导弹发射井,这是一种固定设施也能执行发射任务。基础核装置的射程为12格,爆炸影响1格范围内的区域。热核装置的威力更大射程达到15格,爆炸能摧毁2格范围内的所有目标。核爆炸会产生毁灭性效果,爆炸中心1格或2格范围内的所有军事单位会被立即消灭,该区域工作的市民也会死亡。区域内的建筑和改良设施会被严重损毁,需要修复后才能重新使用。最持久的影响是核辐射,爆炸区域会在接下来的10个回合内受到放射性污染。

任何单位在受污染的格子上结束回合都会受到伤害,并且这些格子无法提供任何生产力。核辐射需要主动清理,派遣建造者进入受污染格子,消耗一次使用次数可以清除该格子的辐射。清理过程中,建造者也会受到一些伤害。使用核弹还会带来严重的外交后果,其他文明会产生强烈谴责,大幅增加好战度导致外交关系恶化。在城市中建造防空洞能减少核爆造成的伤害和人口损失。铀是制造核弹和维护相关单位的必需战略资源,控制或切断敌人的铀供应能有效限制其核能力。