玩家点击部队后选择想改装的船只就能进行改装,一般来说重型船的改装数量最多,轻型船则会进行不完全的改装,因为这类船只拥有的改装数量会比较少。改装的等级逐级递增,船头的改装主要有舵口和弩炮两种方向,前者能加固船体保护士兵,后期还会出现营房加舵口,可以增加士兵的容量,后者能增加新的攻击手段。船尾是舵口方面的改装,能提升船的生命值,船艏是撞击方面的改装,能提升船撞击其它船只的能力,船体则是加固船的外壳,让船变得更坚硬。

船舷有盾牌和箭矢火盆两种方向的改装,盾牌能有效保护士兵,箭矢火盆能让士兵射出火箭提供有效的输出。甲板上的改装有三种方向,一种是给货物提供保护,提高船只的载货能力,比如说狂风暴雨棚和大型货物帐篷,二是接舷利器,可以增加船员的近战伤害,三是箭矢枪和标枪箱,射完箭投完标枪后能补充弹药。船帆的改装只能对已经有的帆型进行一个加固和优化,不能在改装里面改变船的帆类型。

船顶是一些外观上的改装,船艏像能给船只提供一些加成,但像进行船艏像改装会发现就算去了很多文化的港口,有的船艏像依然无法进行改装,因为很多船艏像的解锁条件需要进行不断海战,这样船艏像才会陆续解锁。需要注意的是进行了船只的改装后,最后一定要点击一下下方的确定,这样整个改装才是生效的。